El más importante de sus cometidos consistió en la creación de la musicología moderna española. Fue el primer músico que se encargó de estudiar la música tradicional o folclórica española (etnomusicología), encontrando particularmente en el flamenco el objeto e inspiración adecuados para emprender la búsqueda de una música nacional o de carácter propio en España.6​ Por otra parte, fue editor y estudioso de la obra de Tomás Luis de Victoria, reivindicando la gran tradición renacentista española conducente al Barroco.